期刊简介
本刊是经国家科委和新闻出版署批准出版的国内外公开发行国家级中药科技学术刊物。由国家药品监督管理局主管，国家药品监督管理局中药材信息中心站主办。主要报道中药材的种（养）技术（GAP），资源开发和利用，药材的加工炮制与养护，鉴别，成分，药理，临床，制剂，用药等方面的研究论文。并辟有专论、考证、综述、药膳、经验、动态与信息等栏目。内容丰富，信息面广。创刊二十多年来，质量不断提高，为我国的中医药事业作出了突出贡献。多次荣获全国医药信息成果奖，为“中国自然科学核心期刊”。1999年中国科技期刊总被引频次，《中药材》杂志排第81名（统计刊源为1372种）。《中药材》杂志发行全国医药卫生行业及大专院校、科研院（所）等单位；国外发行日本、美国等二十多个国家和地区，是发行量较大的科技杂志。
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首页>中药材杂志
- 杂志名称：中药材杂志
- 主管单位：国家食品药品监督管理局
- 主办单位：国家食品药品监督管理局,中药材信息中心站
- 国际刊号：1001-4454
- 国内刊号：44-1286/R
- 出版周期：月刊
期刊荣誉：中国自然科学核心期刊期刊收录：CA 化学文摘(美), JST 日本科学技术振兴机构数据库(日), 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 上海图书馆馆藏, 国家图书馆馆藏, 万方收录(中), 文摘与引文数据库, 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 知网收录(中), 维普收录(中)
基于高通量测序技术的虎杖EST-SSRs和EST-SNPs的开发及特征分析
欧阳蒲月；刘芬；夏黎；胡伟明
关键词：虎杖, 转录组, 简单重复序列, 单核苷酸多态性
摘要：目的:利用生物信息学方法,从虎杖转录组中开发SSRs、SNPs和InDels标记.方法:从NCBI的SRA数据库下载虎杖RNA-Seq数据,经Trinity拼接后得到unigenes.用MISA软件搜索虎杖unigenes,对得到的SSRs位点信息进行特征分析并利用PRIMER 3软件设计SSRs引物.利用BWA/SAMtools/VarScan流程开发虎杖SNPs和In-Dels标记.结果:从虎杖转录组中共搜索得到1 293个SSRs位点,经PRIMER 3设计引物后,共得到948个SSRs标记.同时利用BWA/SAMtools/VarScan流程获得虎杖SNPs 375 579个,InDels 13 029个.这些SNPs位点分布在16 186条unigenes上(共14.9 Mb),SNPs位点的密度为1/39.7 bp,核苷酸多样性(θ)为0.02519.6种类型的SNPs变异可以归为置换(233 061,62.1％)和颠换(142 518,37.9％)两类.结论:虎杖基因组积累了丰富的SSRs、SNPs和In-Dels变异,通过转录组测序获得了大量的虎杖EST-SSRs、SNPs、InDels标记,为后续虎杖的遗传育种打下了基础.
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